Desde el año 2009, SEO/BirdLife trabaja en materia de aguas con la intención de influir y mejorar la política española en este ámbito. La tradicional planificación hidrológica estaba obligada a adaptarse a los nuevos retos y oportunidades que ofrecía una renovada perspectiva en la gestión del agua gracias a la nueva normativa europea; una visión donde los objetivos ambientales cobraban un papel fundamental. En los últimos años, la organización conservacionista ha realizado un seguimiento exhaustivo de la implantación de los planes hidrológicos, especialmente centrado en los humedales más importantes para la conservación de la biodiversidad, y de las aves en particular, aquellos declarados espacios Red Natura 2000. Ante la constatación de que los problemas a los que se enfrentan los humedales no se han reducido, y que en algunos casos incluso se incrementan, SEO/BirdLife lanzó la campaña “Hay que mojarse por los humedales”, con propuestas concretas de acción urgente para salvar Doñana, el delta del Ebro y la albufera de Valencia, los tres humedales más simbólicos y más importantes para las aves acuáticas de España.